Como não havia ninguém para anistiar, o governo republicano resolveu decretar a grande naturalização, em 14 de dezembro de 1889, pela qual passariam a ser brasileiros todos os estrangeiros residentes no país que não manifestassem, no prazo de seis meses, o propósito de conservar a respectiva nacionalidade.

Em 18 de dezembro de 1889, houve um motim no 2o Regimento de Artilharia Montada. Era um sintoma da indisciplina militar que se seguiu ao golpe que proclamou a República. Embora não se tenha demonstrado qualquer relação do motim com elementos monarquistas, o Governo acusou-os de maquinarem o levante, decretando o banimento do Visconde de Ouro Preto, de seu irmão Carlos Afonso de Assis Figueiredo e de Gaspar da Silveira Martins.

Também a imprensa foi acusada de insuflar perturbações contra o regime. Assim, por um decreto de 23 de dezembro resolveu-se instituir a censura e suprimir a liberdade de imprensa, criando uma junta, composta só de militares, incumbida de julgar sumariamente os que fossem acusados de abusos no exercício do jornalismo.

Em 15 de janeiro de 1890, Deodoro foi aclamado, pelas tropas, Generalíssimo de Terra e Mar, tornando-se, assim, o único oficial-general de seis estrelas no Brasil. Por decreto de 25 de maio, todos os Ministros civis receberam a patente de General-de-Brigada. Historiadores afirmam que o Governo Provisório republicano foi a primeira ditadura militar do Brasil.

Em 7 de janeiro de 1890 foi decretada a separação entre a Igreja e o Estado. Por um decreto de Deodoro, o Brasil deixou de ser um país oficialmente católico, apesar do catolicismo ser professado pela quase totalidade do povo brasileiro, na época. Foi também extinto o padroado, ou seja, a intervenção do Estado nos assuntos da Igreja.

Em 23 de janeiro do mesmo ano, foi institucionalizado o casamento civil, ficando sem efeitos jurídicos o matrimônio religioso. Também foi instituído o registro civil, proibido o ensino de religião nas escolas públicas e secularizados os cemitérios.

Em 17 de janeiro de 1890, o ministro da Fazenda, Rui Barbosa, intentando deslocar o eixo da economia brasileira da agricultura para a indústria, deu início a uma reforma monetária e bancária, baseada nos melhores livros estrangeiros. A reforma consistia em autorizar os bancos a emitir papel-moeda sem lastro em ouro e prata. O sistema de bancos emissores e as facilidades concedidas para a organização de empresas provocaram inflação e uma desatrosa especulação financeira, com a crise da bolsa e a ruína de numerosos investidores. A crise ficou conhecida como o “encilhamento”.

Por iniciativa do Ministro da Guerra, Benjamin Constant, foi reformado o ensino militar, de modo a receber nítida influência da doutrina positivista. Entrando Benjamin em grave divergência com Deodoro, foi transferido para a recém-criada pasta da Instrução Pública, Correios e Telégrafos, o que significou, de fato, a sua morte política. Para substituí-lo, no Ministério da Guerra, foi nomeado o Marechal Floriano Peixoto.

Em 11 de outubro de 1890, foi promulgado o Código Criminal da República, que extinguia a pena de morte, em tempo de paz, no Brasil.

Duas correntes republicanas se chocavam dentro do próprio Governo Provisório: a corrente liberal-democrática, que visava a uma República federativa e presidencial, com separação de poderes, nos moldes dos Estados Unidos; e a corrente positivista, que defendia uma ditadura republicana, segundo os princípios do filósofo Auguste Comte. Venceu a corrente liberal-democrática, sustentada por Campos Sales, Rui Barbosa e Prudente de Morais.

Em 17 de janeiro de 1891 houve a última reunião ministerial do Governo Provisório. Nela tratou-se de uma concessão de garantia de juros para as obras do porto de Torres, no Rio Grande do Sul – concessão que Deodoro prometera a uma amigo pessoal. Rui Barbosa, o Ministro da Fazenda, que não pôde comparecer à reunião, mandou seu voto por escrito, absolutamente contrário, tanto a esta como a outras garantias de juros. Os Ministros presentes foram todos do mesmo parecer. Deodoro permaneceu irredutível e, quatro dias depois, a 21 de janeiro, aceitava a demissão coletiva do ministério, nomeando, para substituir os Ministros demissionários, antigos políticos do regime monárquico, chefiados pelo Barão de Lucena, amigo íntimo de Deodoro.